Eine zentrale Rolle spielen beim Öko-Controlling vor allem seine primären Funktionsbereiche in Form der Planung, Steuerung und Kontrolle der betrieblichen Umweltschutzaktivitäten sowie der diesbezüglichen Koordination und Informationsversorgung. In Anlehnung an das herkömmliche Controlling handelt es sich im Zusammenhang mit dem Umweltcontrolling demnach um einen ziel- und zweckgerichteten kontinuierlichen Prozess, dem im Rahmen seiner Managementunterstützungsfunktion die Informationsbeschaffung, -aufbereitung, -bereitstellung und -koordination für die organisationalen Teilsysteme der Unternehmensführung hinsichtlich betrieblich umweltrelevanter Vorgänge obliegt.

Ausgehend von dieser zentralen Kernfunktion lassen sich nun diverse ökologische Subfunktionen bzw. Teilaufgaben ableiten, aus denen der Umweltmanagementbezug sowie die zuarbeitende Unterstützungsfunktion des betrieblichen Umweltcontrolling unmittelbar hervorgehen. In Abhängigkeit der jeweils vorliegenden Rahmenbedingungen gestalten sich diese naturgemäß grundsätzlich unternehmensspezifisch, so dass im folgenden nur die wesentlichen, in der Regel betriebsübergreifend allgemeingültigen Funktionsbereiche des Öko-Controlling benannt werden sollen.

In diesem Kontext ist an erster Stelle die umfassende Unterstützung des Managements bei der Umsetzung der vorgegebenen Unternehmensstrategie in konkrete Maßnahmen und Handlungen in ökologischer Hinsicht zu nennen. Weiterhin kann die koordinations- und informationsorientierte Zuarbeit bei der Planung und Festlegung strategischer Ziele bezüglich der betrieblichen Umweltpolitik, d. h. der strategie- und umweltleistungsbezogenen Intention und Ausrichtung der Organisation, sowie operativer Zielvorgaben im Rahmen des sogenannten Umweltprogramms in Form einer Beschreibung der zur Erreichung der Umweltzielsetzungen und -einzelziele geplanten Maßnahmen und Fristen angeführt werden.

Der Anwendungsbereich des Öko-Controlling erstreckt sich darüber hinaus auch auf die Identifizierung, Kommunikation und Überwachung der durch die betriebliche Tätigkeit verursachten Umweltwirkungen und -risiken, die sich im Rahmen des originären Leistungserstellungsprozesses sowie des Produktlebenszyklus aus dem Stoff- und Energieeinsatz im Unternehmen ergeben (können). Unmittelbar daran schließt sich die Aufgabe der physikalisch-technischen Erfassung und Aufbereitung der daraus resultierenden umweltrelevanten Daten und Informationen an, die in erster Linie der Erstellung betriebsumfassender Massen- und Energiestrombilanzen in Form sogenannter Stoff- und Energieflussanalysen (SEFA) zu dienen bestimmt sind.

Wiederum daraus ableitbar ist eine weitere Subfunktion des ökologischen Unternehmenscontrolling, nämlich die ziel- und zweckmäßige Identifikation und Definition sogenannter Umweltkennzahlen auf der Grundlage des durch Öko-Bilanzierungen gegebenen Datenmaterials. Die Erfassung und Bewertung der unter anderem aus organisationalen Umweltschutzmaßnahmen resultierenden Umweltkosten sowie deren Einflussgrößen, vorzugsweise im Rahmen einer Umweltkostenrechnung, stellt eine weitere Herausforderung an das betriebliche Öko-Controlling dar. In Anlehnung an den Produktlebenszyklus (engl.: Life Cycle) ist schließlich eine umweltgerechte Optimierung aller Phasen dieses leistungsbezogenen Güterkreislaufs, d. h. von der Rohstoffgewinnung über die einzelnen Fertigungsschritte bis hin zur Produktverwertung oder -entsorgung, anzustreben.