Im Sinne einer ausgewogenen Bewertung sind neben den im vorangegangenen Beitrag aufgeführten Vorteilen synthetischer BTL-Kraftstoffe auch die diesbezüglichen Nachteile zu nennen.

So stellt die BTL-Produktion per se derzeit einen energetisch noch vergleichsweise aufwendigen Herstellungsprozess dar. Auch die zur Zeit noch relativ mäßige massenbezogene Ausbeute an eingetragener Biomasse (ca. 1 t Synfuel aus etwa 7,5 t Edukt) ist soweit möglich zu optimieren. Weiterhin ist der Transportaufwand für die in den Fertigungsablauf einzuspeisenden Rohstoffe zu minimieren bzw. vor dem Hintergrund der Wirtschaftlichkeit unter ökonomischen und logistischen Gesichtspunkten eingehend zu prüfen. Darüber hinaus ist zu bedenken, dass zur Nutzung von Größendegressionseffekten geeigneterweise primär Großanlagen errichtet und betrieben werden sollten. So kostet eine BTL-Anlage derzeit noch etwa zwanzigmal mehr als eine durchschnittliche Biodieselanlage.

In diesem Zusammenhang gibt die nachstehende Tabelle einen groben Überblick über die bedeutendsten GTL- und CTL-Produktionsbetriebe der Welt und damit eine ungefähre Vorstellung, in welchen kapazitätsmäßigen Größenordnungen sich die zukünftigen BTL-Anlagen bewegen sollten.

Im oberen Teil der Aufstellung finden sich die bereits errichteten und in Betrieb genommenen Produktionsanlagen wieder, im unteren Teil der Tabelle sind die im Bau oder noch in Planung befindlichen Fertigungsbetriebe zur synthetischen Kraftstoffherstellung aus fossilen Rohstoffen aufgeführt. Von besonderem Interesse ist dabei die in der vierten Spalte aufgeführte ungefähre anlagenbezogene Durchsatzkapazität in Barrel pro Tag [bpd] sowie im Vergleich dazu der in der letzten Tabellenzeile genannte jährliche Dieselabsatz in Deutschland mit Stand 2004. Im Hinblick auf Jahr und Kapazität finden sich in den Spalten drei und vier teilweise in runde Klammern gesetzte Werte, die im Rahmen einer geplanten Kapazitätserweiterung der jeweils betroffenen Produktionsanlage veranschlagt wurden.

Bei geschätzten Produktionskosten von etwa 0,70 € je Liter Synfuel ist BTL-Kraftstoff zum heutigen Zeitpunkt im Rahmen einer unversteuerten Nettobetrachtung mehr als doppelt so teuer wie vergleichbare erdölbasierte Kraftstoffe oder herkömmliches Ethanol aus Lignozellulose. Dem gegenüberzustellen ist allerdings die Tatsache, dass sich der Ölpreis in den letzten Jahren mehr als verdreifacht hat.

Im Hinblick auf die bundesdeutsche Energieversorgung ist weiterhin zu konstatieren, dass für eine umfassende bzw. großanteilige Deckung des nationalen Kraftstoffbedarfs durch BTL-Kraftstoffe prinzipiell keine gesicherte Rohstoffbasis in Deutschland besteht und die erforderlichen Rohstoffe somit erneut importiert werden müssten, was die Energie(import)abhängigkeit der Bundesrepublik wiederum erhöhen würde (vgl. auch Art. „Die Energieimportabhängigkeit Deutschlands“). So stehen bundesweit nur etwa 17 Mio. Hektar an potenziellem Acker- und Weideland für etwaige zukünftige BTL-Produktionszwecke zur Verfügung, was einer Einheitsfläche von ungefähr 0,2 ha pro Einwohner entspricht. Im Vergleich dazu verfügt beispielsweise die Mongolei über diesbezüglich verwendbare Acker- und Weidelandflächen im Umfang von rund 130 Mio. Hektar und somit über einen einwohnerbezogenen Flächenwert von ca. 50,4 ha pro Kopf.